FFU風機過濾單元控制方式的選擇目前FFU風機過濾單元一般采用單相多速交流電機、三相多速交流電機和直流電機。FFU風機過濾單元電機的供電電壓大致有110Ｖ、220Ｖ、270Ｖ、380Ｖ四種。
FFU風機過濾單元控制方式主要分為以下幾種:
(1)FFU風機過濾單元多檔開關控制系統:此系統只包括FFU自帶的一個調速開關和一個電源開關。由于控制元件為FFU自帶，分布在潔凈室吊頂內的各個位置，工作人員必須在現場通過撥擋開關來調節FFU，控制起來極不方便，而且FFU的風速可調范圍有限，僅限于幾檔。采用多檔開關控制方式優點是控制簡單、成本低，但存在許多缺陷:比如:能耗大、不能平滑調速、沒有反饋信號、不能實現靈活的組群控制等。

(2)FFU風機過濾單元連續速度調節控制:此系統連續速度調節控制與多檔開關控制方式相比，多了一個連續速度調節器，使FFU風機轉速連續可調，但同時也犧牲了電機效率，使其能耗比多檔開關控制方式還要高。

(3)FFU風機過濾單元計算機控制:此系統與前面兩種方式相比，計算機控制方式先進的功能:不但可以采用集散型控制方式，能夠很方便的實現FFU的集中監測和控制，而且還可以方便的實現FFU的單臺、多臺及分區控制。另外可以設置控制系統預留通信接口，可與上位機或網絡進行通訊，從而實現遠程通信和管理功能。

(4)FFU風機過濾單元遙控控制:此系統遙控控制方式作為計算機控制方式的一種補充，可使用遙控器對每臺FFU進行控制,與計算機控制方式相輔相成。這幾種控制方式在選擇時要根據實際情況進行選用。